Der Bundesrechnungshof hat der Zusammenarbeit von Bund und Ländern in Steuerfragen ein vernichtendes Zeugnis ausgestellt. So habe das Bundeszentralamt für Steuern von 2006 bis 2011 nur in drei Fällen die Initiative ergriffen, eine Betriebsprüfung bei einem Unternehmen durchzuführen. Zudem wird gerügt, dass diese drei Fälle auch noch denselben Konzern betrafen. Selbst in diesem Fall musste der Rechnungshof das Bundesfinanzministerium auf die Gefahr hinweisen und um eine Prüfung durch das Bundeszentralamt bitten. "Es drohte ein Steuerschaden für den Bund", heißt es in dem Bericht des Bundesrechnungshofs, der der FTD vorliegt.
Außerdem gibt es die von der Verwaltung geplante bundeseinheitliche Datei aller Großbetriebe bis zum heutigen Tag nicht. Auch eine geplante Datenbank für Steuerzahler mit Einkünften ab 500.000 Euro pro Jahr kam nicht zustande. Als Beleg für die schlechte Zusammenarbeit zwischen Bund und Ländern führt der Rechnungshof an, dass sich ein Bundesland heimlich über die Feststellungen des Bundeszentralamtes für Steuern hinwegsetzte. Die Bundesprüfer erfuhren nur durch Zufall davon und konnten so einen "Steuerschaden in Millionenhöhe" verhindern.
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Die Betriebsprüfungen durch den Bund sind ein Beispiel für eine völlig ungenügende Umsetzung der Föderalismusreform. Bis zum Jahr 2006 waren die Prüfungen ausschließlich Sache der Länder, der Bund durfte lediglich mitwirken. Durch die Reform hat der Bund ein Initiativrecht, insbesondere für Fälle, die über Ländergrenzen hinweg reichen oder internationalen Bezug haben. Von diesem Recht macht der Bund aber in der Praxis fast keinen Gebrauch.
Für vorgeschoben hält der Rechnungshof das Argument des Bundesfinanzministeriums und des Bundeszentralamts für Steuern, das Amt sei mit zu wenig Personal ausgestattet. Im März 2011 gab es dort 180 Bundesbetriebsprüfer, die 2010 bei immerhin 608 Prüfungen der Länder mitgewirkt hatten. Deshalb sei der Wunsch nach zusätzlichen Prüfern "nicht nachvollziehbar", so der Bericht des Rechnungshofs.
Das Finanzministerium verteidigt sich mit dem Hinweis auf die lange Lernphase der Steuerprüfer. Nach Aussage der Behörde sind selbst erfahrene, neu eingestellte Fahnder beim Bund erst "nach drei bis fünf Jahren voll einsatzfähig". Bis zu diesem Zeitpunkt müssten sie Nachwuchskräfte ausbilden und "für diese Bediensteten eine Mentorenfunktion" übernehmen.
Die Zusammenarbeit zwischen Bund und Ländern krankt jedoch auch daran, dass wichtige Daten aus den Ländern beim Bund entweder gar nicht oder nur unvollständig ankommen. Zudem sind Formate und Software unterschiedlich, sodass die Daten mit großem Aufwand nachbearbeitet werden müssen.
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